民國65年1月1日全國陸海空聯勤的番號全面大改編，造成作戰計畫、人事作業、財務會計、裝備帳冊、公文檔案、後勤補給等等業務一片混亂，混亂還未結束，7個半月後又因新舊番號對照表外流，65年8月16日又再重來一次番號大改編。
每一部隊都有上級賦予的正式番號(又稱「全銜」)，例如: 陸軍步兵第206師617旅步6營第1連。除了正式番號外，為了保密欺敵或是不同場合、狀況的需要，也會使用其他代號。例如 :
部隊隊名 : 如206師代號威武部隊、333師代號埔光部隊。
守備地區或駐地銜 : 如馬祖防衛司令部莒光守備區東莒守備隊猛沃營大埔連；或是關渡師基隆旅外木山營、楊梅師、湖口旅等。。
部隊代號 : 如7693部隊、0213附3部隊。(由總政戰部政四處編訂，每年一換)。
郵政信箱 : 如花蓮郵政9172附5號信箱。(原為4碼，民國78年改為5碼)
為了傳承部隊光榮史蹟，凝聚官兵向心力與榮譽感，正式番號不會輕易修改，世界各國的軍隊都是如此。
番號就是部隊的姓名，是所有曾在此服役官兵共同記憶的聯結，也是光榮歷史的傳承。
民國64年11月25日國防部第34次作戰會報轉達行政院長蔣經國22日在行政院第40次國防會談上指示 : 「部隊番號更改，茲規定陸軍軍團以下部隊，海軍艦隊以下至艦艇，空軍各聯隊，聯勤工廠等番號、代號均予更換，且不按次序，以重保密。由各總部報部核定，於明(65)年元月1日起實施，嗣後每年換一次，希遵研辦。」
蔣經國民國26年從蘇聯返國後不到一年，27年初被任命為江西省政府保安處少將副處長，此後30年之間，即使歷任黨政軍無數職務，但始終有軍職在身。39年任國防部總政治部主任時為陸軍中將，49年晉任陸軍二級上將，直到57年8月國防部長任內才正式退伍。雖然不曾實際參與過作戰，然而長期參贊軍事決策，巡訪各級部隊何止千次，也在53年任國防部副部長，54至58年擔任國防部長，對軍務十分熟悉。蔣經國也是軍隊政工的實際領導人，不會不知道官兵對自己服役部隊的榮譽感是士氣泉源，然而卻下達更換全軍番號的突兀指示，不知有何緣由? 還說要「每年換一次」，更是跡近無厘頭。軍中也有傳言，更換番號其實是總政戰部主任王昇的建議。
蔣經國曾有30年的軍職身分，60歲以前穿軍服的照片也很多，但是極少穿著全套正式軍裝並完整配戴階級勳表，這張陸軍夏季白禮服的照片更是稀奇。
國軍並不是沒有全面重編番號過，民國38年之後陸續撤台的陸軍軍級番號將近有30個，師級番號更超過60個；41年全面整編後，台澎地區編成10個軍21個師，在陸軍總司令孫立人建議下，取消大陸時期的番號，全面重編新番號；撤退來台的海空軍整編後也部分重編番號。那時是因為大敗撤台的國軍近乎崩潰，等於再次建軍，而64年時雖然國內外環境劇變(老蔣總統過世、邦交國剩27個)，但是只以「保密」作為重編全軍番號的理由，實在過於薄弱。
不管合不合理還是有無必要，院長已經下令，國防部只有照辦。距離院長指示明年元月1日實施，只剩不到40天，國防部11月28日以最速件要求各軍總司令部於12月10日前研擬草案陳報；而會簽國防部內各聯參單位時，幾乎全是反對意見。
陸軍總部各署處會簽意見表示勢將造成混亂與錯誤，所擬新番號方案也排除軍團及軍的戰鬥及勤務支援部隊與飛指部飛彈營；
海軍提報的擬案，除了院長明確指示「艦隊以下至艦艇」的數字番號(舷號)非改不可之外，只改了2個陸戰師的師級番號，其他單位都沒動，各艦艇原來艦名(如洛陽艦、中海艦)也不變；
空軍依照院長說的「各聯隊」，改了6個飛行聯隊番號，原來番號中就沒有數字的戰管、氣象、通航、工程等聯隊維持原狀，原來番號中有數字的防砲團、警衛旅也沒有提報新番號；
聯勤只擬12個兵工廠新編番號；
警備總部所屬部隊則因院長沒說到，所以完全沒變動。
12月12日國防部召開專案會議，綜整各單位意見 :
1. 部隊番號為保持部隊歷史，發揚團隊精神，激勵官兵士氣之源泉，既經賦予不宜輕易變更。
2. 如在番號之外，採用代名或代號數字，亦可收保密之效。
3. 番號為人事管理基礎，輕易變更頻添作業混亂而導致錯誤，變更同時更須發布人令，故不宜每年變更番號。
4. 聯勤工廠番號與其產品標誌有關，變更番號將影響其藍圖、技術資料、規格、模式、刀具；與國內外公民營機構各式契約也須重新簽訂。
5. 就實務言，更換從軍團至連級之關防、主官印信等章戳、旗幟，以及重製數量龐雜的各類報表簿冊，所需經費及人力更難以計數。
顯然軍方對改番號這件事並不以為然，但是為達成院長指示，還是擬了兩案以供裁示 :
甲案 : 原番號不變，另外制定「保密番號」賦予規則(3或4位數代碼)，每年發布新代碼一次。
乙案 : 依照各軍總部所提擬案，一次全面變更番號，嗣後再視狀況檢討。
雖然各軍內部對於一年一換番號都認為不可行，但領袖去世未久，為了穩定民心士氣，鞏固領導中心樹立領導威信，因此蔣院長的指示必須貫徹。國防部採用乙案，64年12月23日發文頒布「國軍各部隊及工廠番號變更對照表」，65年1月1日生效。新番號編製特別強調保密與「不按次序」，因此切斷了與原番號之間的連結，彷彿是全新單位。
重新編訂番號是為了保密與欺敵，但是頻繁變更番號反而會造成自己更大的混亂。
國防部頒布的新舊番號對照表只列到師級單位(海軍到三級艦)，師級以下單位的番號異動授權由各軍總部自行制訂發布。陸軍總部於是在12月26日頒布「陸軍軍團以下部隊番號對照表」，詳列從軍團到連級各單位的新舊番號。但是編配軍團與軍的戰鬥支援(砲兵、工兵、通信、化學、運輸、憲兵、政戰等)與勤務支援(如經理、兵工、衛生、財勤等)部隊的番號都沒有變動。
65年元旦後各部隊開始處理更換番號相關事宜，因為牽涉廣泛，工作延續數月仍未全部完成。不料6月初聯勤財務署呈報遺失「國軍預算支用單位編號修訂表」部分內容，包括陸軍軍團至獨立旅全部番號，海軍381(玉台)艦與2個陸戰師，以及空軍6個飛行聯隊番號對照。聯勤財務署負責各單位預算統整、經費收支與人員薪餉作業，所以編製新舊番號對照表以供相關業務使用，雖然只是部分遺失，但為保密欺敵而制訂的三軍新番號，形同完全破功。甚至有謠言說，聯勤這本對照表不是遺失而是被竊，送到了北京共軍總參謀部。
遇此重大失誤，參謀總長宋長志批示 : 「遺失部分即予更換，其餘不變。」海軍影響最少，空軍與陸軍則是所有工作全部重來。
65年7月28日國防部核定再次新編的番號於8月16日生效。
為徹底改革大陸時期部隊吃空缺的惡習，國軍撤台後將財務主計劃歸聯勤財務署主管。早年部隊每月關餉是由聯勤的財勤隊或收支組派出預財官，到各部隊駐地集合官兵，逐一核對軍人補給證，將補給證上當月餉條撕下黏貼於餉冊，受領人清點現金無誤後再蓋章確認。因此聯勤財務署有全軍所有部隊番號及駐地的完整紀錄。
陸軍這次雖然也將保密與不按次序列為編製原則，但實際上軍、師級新番號都恢復了與老番號的連結。6個軍2位數新番號的個位數就是老番號；27個步兵師(含預備師)3位數新番號的十位數與個位數就是老番號；裝甲旅、空降旅及特戰總隊2位數新番號的個位數也是老番號。
空軍再次新編的番號也暗藏玄機，3位數字相加後的尾數即為原始番號，例如第1聯隊改成588聯隊再改成443聯隊，4+4+3=11，尾數是1，就是原來的第1聯隊；第2聯隊改成516聯隊再改成499聯隊，4+9+9=22， 尾數是2，就是原來的第2聯隊，依此類推。(41年後的民國106年12月1日空軍各聯隊又改回原始的個位數番號)
海軍只有一艘軍艦與兩個陸戰師重編新番號。
聯勤各工廠維持原案不變。
65年1月啟用的番號，因為只用了7個半月，所以在很多單位的隊史記載中都被省略。例如成功嶺302師隊史資料中，部隊番號從預2師直接跳到302師，沒有列出65年1月改的步兵第15師番號。
陸戰隊隊史館展示資料中，民國65年大事記出現36師、54師及99師三個師番號，卻沒有說明8月16日前的36師就是66師、54師就是99師，讓人以為陸戰隊又新增了兩個師。
可是蔣院長還指示「嗣後每年換一次」，那該怎麼辦 ? 到了民國66年，或許是前一年換了兩次番號，搞得各單位人仰馬翻，所以就休息一次；67年蔣院長成了蔣總統，只有海軍更換一至三級各軍艦舷號，而且除了陽字號重編9XX，山字號重編8XX外，幾乎都恢復65年之前的編號；68年台美斷交，可能因國事如麻難以兼顧，又有崑崙案重組高司單位的大變動 所以沒有更換番號；69年不知誰又提起這件事，但國防部決定不再全面更換，9月1日頒布「國軍番號使用規定事項」，重點是 :
1. 暫維現狀不變，爾後依需要再檢討變更。
2. 番號之使用應特別注意保密，除人事與財務外，應盡量使用代號，並嚴禁番號與代號併用。
一年一換不了了之，下一次的番號大改編，要到民國86年的精實案才會再現。
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民國65年1月1日及8月16日三軍部隊番號演變如下 :
陸軍
軍團
第1軍團—>第3軍團—>第6軍團(駐地第3作戰區，3x2=6)
第2軍團—>第5軍團—>第10軍團(駐地第5作戰區，5x2=10)
軍
第1軍—>第4軍—>第21軍
第2軍—>第5軍—>第32軍
第3軍—>第11軍—>第43軍
第8軍—>第12軍—>第58軍
第9軍—>第6軍—>第69軍
第10軍—>第7軍—>第20軍
重裝步兵師
步兵17師—>步兵21師—>步兵117師
步兵19師—>步兵23師—>步兵319師
步兵26師—>步兵35師—>步兵226師
步兵27師—>步兵37師—>步兵127師
步兵33師—>步兵45師—>步兵333師
步兵34師—>步兵47師—>步兵234師
步兵58師—>步兵53師—>步兵158師
步兵68師—>步兵55師—>步兵168師
步兵69師—>步兵65師—>步兵269師
步兵84師—>步兵67師—>步兵284師
步兵92師—>步兵71師—>步兵292師
步兵93師—>步兵87師—>步兵193師
輕裝步兵師
步兵9師—>步兵24師—>步兵109師
步兵10師—>步兵38師—>步兵210師
步兵46師—>步兵48師—>步兵146師
步兵49師—>步兵56師—>步兵249師
步兵51師—>步兵64師—>步兵151師
步兵57師—>步兵78師—>步兵257師
預備師
預備1師—>步兵13師—>步兵101師
預備2師—>步兵15師—>步兵302師
預備3師—>步兵29師—>步兵203師
預備4師—>步兵31師—>步兵104師
預備5師—>步兵74師—>步兵305師
預備6師—>步兵59師—>步兵206師
預備7師—>步兵63師—>步兵307師
預備8師—>步兵43師—>步兵108師
預備9師—>步兵88師—>步兵309師
裝甲旅
裝1旅—>獨立11旅—>獨立51旅
裝2旅—>獨立13旅—>獨立42旅
裝3旅—>獨立15旅—>獨立73旅
裝4旅—>獨立17旅—>獨立64旅
空降旅
空降1旅—>獨立21旅—>獨立71旅
空降2旅—>獨立23旅—>獨立62旅
特戰總隊
特1總隊—>第6總隊—>第31總隊
特2總隊—>第8總隊—>第42總隊
特3總隊—>第10總隊—>第63總隊
特4總隊—>第12總隊—>第24總隊
空軍
第1戰術戰鬥機聯隊—>第588戰術戰鬥機聯隊—>第443戰術戰鬥機聯隊
第2戰術戰鬥機聯隊—>第516戰術戰鬥機聯隊—>第499戰術戰鬥機聯隊
第3戰術戰鬥機聯隊—>第544戰術戰鬥機聯隊—>第427戰術戰鬥機聯隊
第4戰術戰鬥機聯隊—>第590戰術戰鬥機聯隊—>第455戰術戰鬥機聯隊
第5戰術混合聯隊—>第528戰術混合聯隊—>第401戰術混合聯隊
第6空運聯隊—>第501空運聯隊—>第439空運聯隊
海軍
聯勤遺失的新舊番號對照表中，海軍只有381(玉台)艦與2個陸戰師，所以65年8月16日的第二次改番號時，僅這三個單位重編新番號。
但是67年海軍又將各艦艇舷號(番號)全面修改，之後一直沿用，例如中字號改回65年1月1日之前的2XX原舷號；陽字號維持9字頭，但十位數及個位數為原舷號；兩艘潛艦(原舷號91、92)則為791(海獅)、792(海豹)。
中國海軍月刊65年10月刊出當選該年"莒光艦"的遼陽艦，艦橋舷號938。遼陽艦原舷號為21，65年1月改為938，67年再改回9+原舷號=921。(中國海軍月刊，民65年10月)
艦隊
海軍驅逐第1艦隊—>海軍124艦隊
海軍驅逐第2艦隊—>海軍146艦隊
海軍驅巡防艦隊—>海軍131艦隊
海軍登陸第1艦隊—>海軍154艦隊
海軍登陸第2艦隊—>海軍136艦隊
海軍水雷艦隊—>海軍192艦隊
海軍勤務艦隊—>海軍142艦隊
戰隊
海軍驅逐第11戰隊—>海軍264戰隊
海軍驅逐第12戰隊—>海軍242戰隊
海軍驅逐第21戰隊—>海軍226戰隊
海軍驅逐第22戰隊—>海軍268戰隊
海軍巡防第31戰隊—>海軍212戰隊
海軍巡防第32戰隊—>海軍252戰隊
海軍水雷第41戰隊—>海軍248戰隊
海軍水雷第42戰隊—>海軍236戰隊
海軍登陸第51戰隊—>海軍285戰隊
海軍登陸第52戰隊—>海軍232戰隊
海軍登陸第61戰隊—>海軍224戰隊
海軍登陸第62戰隊—>海軍258戰隊
海軍潛水艦戰隊—>海軍256戰隊
軍艦舷號
陽字號18艘、太字號1艘原舷號1至27—>9XX
山字號11艘(含武勝、居庸、平靖)原舷號32至67—>8XX
永字號13艘原舷號156至168—>4XX
LCC-1高雄艦—>663
LSD 191東海艦—>639
中字號22艘原舷號201至231—>6XX
215天山艦—>615
美字號4艘原舷號341至356—>6XX
521玉台艦—>381—>358
其他原5字頭勤務艦—>3XX
91海獅潛艦—>736
92海豹潛艦—>796
陸戰隊
陸戰第1師—>陸戰第36師—>陸戰第66師
陸戰第2師—>陸戰第54師—>陸戰第99師
聯勤
聯勤第26兵工廠—>聯勤第203廠
聯勤第44兵工廠—>聯勤第206廠
聯勤第60兵工廠—>聯勤第205廠
聯勤第61兵工廠—>聯勤第202廠
聯勤第72兵工廠—>聯勤第204廠
聯勤軍車廠—>聯勤第201廠
聯勤第通信電子廠—>聯勤第207廠
聯勤第1經理生產工廠—>聯勤第301廠
聯勤第2經理生產工廠—>聯勤第302廠
聯勤第3經理生產工廠—>聯勤第304廠
聯勤第4經理生產工廠—>聯勤第303廠
聯勤測量製圖廠—>聯勤第401廠
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